湖南艾佳生物科技股份有限公司
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  • 企业简介
    艾佳生物成立于2011年,致力于打造基础研究-应用开发-成果转化产业链,为生物医学研究、疾病预防、诊断与治疗提供创新的产品、服务与应用解决方案。
  • 公司文化
    我们努力建设“共识、共创、共享、共赢”的企业文化,企业平台化、员工创客化,实现员工、顾客、合作者、股东等利益相关方共同满意。
  • 新闻动态
    艾佳生物打造干细胞技术平台和基因编辑技术平台
  • 公司荣誉
    自公司成立以来,我们通过不断引进高层次创新人才,坚持自主持续创新以获得核心竞争优势,同时获得了政府各级部门的关心与支持。
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  • 抗体
    通过整合美国ABZOOM抗体品牌,我们拥有1万多种高品质抗体,包括2000多种磷酸化、甲基化、乙酰化等位点特异性抗体,1000多种单克隆抗体,600多种免疫组化抗体。
  • 组织芯片
    组织芯片在生物医学基础研究和药物开发领域具有重要的应用价值。艾佳生物目前拥有300多种组织芯片产品。
  • ELISA试剂盒
    我们代理销售美国ImmunoWay公司约3000种高品质ELISA试剂盒,其中包括2000多种Cell-based ELISA试剂盒。
  • 蛋白研究试剂
    针对抗体的免疫检测应用,艾佳生物开发了一系列高性价比的免疫学实验辅助产品,使您的实验更具效率。
  • 生物资源库
    AuraCell细胞库拥有经STR和支原体鉴定的细胞株达200余种;AuraHist组织标本库拥有数量逾10万,涵盖所有人常见肿瘤组织及所有人正常组织。
  • 病理诊断
    病理诊断是医学界公认最可信赖、重复性最强、准确性最高的诊断手段。我们拥有200余种CFDA认证病理诊断抗体及配套产品。
  • 诊断原料
    我们计划开发生产约300种疾病生物标志物单克隆抗体及标准蛋白原料,突破国内免疫诊断原料瓶颈,覆盖心血管疾病、肿瘤、肾病等重大疾病。
  • 艾佳学院
    艾佳学院致力于打造转化医学科研生态圈,建立基础研究-应用开发-成果转化产业链,推动科研成果向疾病预防、诊断与治疗应用转化。
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    我们建设了健康数据云计算、病理学、干细胞、基因编辑、线虫、斑马鱼等特色技术平台,致力于为转化医学科研提供整体解决方案。
  • 研究案例
  • 艾佳文献
    佛系器官捐赠者——内源性逆转录病毒灭活小猪诞生!
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  • 组学检测
    系统生物学的主要技术平台为基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、相互作用组学和表型组学等。
  • 实验技术
    我们建立了体外细胞模型与体内动物模型构建、基因功能验证与机制研究等在内的完整的转化医学实验技术平台。
  • 生物信息
    生信分析的重点主要在基因组学和蛋白质组学,从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。
  • 科研设计
    艾佳针对客户的研究方向及科研需求,组建专业咨询团队,根据最新研究前沿,为客户制定可持续的科研方向及详细执行方案。
  • 学术编辑
    艾佳生物拥有一批经验丰富的编辑团队,同时和国内外知名企业包括英国CAM公司,学者协同高效合作。艾佳生物为有需要科研工作者提供高品质的文章编辑服务,包括学术论文翻译、英文论文润色、标...
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    根据客户的研究领域或需要,提供基础医学、临床医学、药物筛选与评价、生物信息等相关的学术交流及课题设计、实验实施、实验进度跟踪与管理、实验结果整理与分析、报告总结等一条龙服务。
   
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circRNA-Seq环状RNA测序

日期: 2018-03-23
浏览次数: 24


1.简介及应用

在近十余年的生命科学研究中非编码调控RNA可谓是研究最火的领域之一,从06年诺奖的siRNA,到这几年异常火爆的microRNA,到登场并风靡全世界的lncRNA,到当今最前沿的环状RNA(即circRNA),可谓如火如荼,相关领域之广,相关机制之多,被众多研究者视为主要研究方向。

从机制上看,环状RNA(circRNA)是区别于传统线性RNA的一类新型RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感,所以比线性RNA更为稳定,这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。此外,近期研究显示,环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用,称之为竞争性內源RNA(ceRNA),能竞争性结合miRNA,从而调控靶基因的表达。这说明:环状RNA可能通过竞争性结合疾病相关的miRNA在疾病调控中发挥着非常重要的作用。


2.技术特点及优势

艾佳生物根据circRNA实验原理以及数据分析的要求,为研究者采用应用最为广泛的illumina Hiseq2500高通量平台。为研究者提供如下特色服务:

1.实验质控标准高:艾佳生物利用当今最先进的毛细管电泳技术对初始样本进行严格质控,从实验的源头开始,进行“样本入库-质检-Agilent2200”的自动化管理模式,并且每一份质检图片都会在服务器中记录。

2.多物种检测:针对已知基因组的物种,无论是否在数据库中记载circRNA信息,都可以进行多样化的转录组circRNA测序以及数据分析。

3.全新发现:通过AuraBio专业的生物信息团队,检测未知circRNA,并且推断其真实性。

4.灵敏度高:构建实验室数字化信号,可精确检测到基因家族中相似基因以及可变剪接造成的不同转录本的单碱基差异。

5.覆盖度广:AuraBio实验室全新优化去核糖体技术,提高二代测序技术中的检测覆盖度,可以检测到低丰度的稀有circRNA。

6.物种专业性:AuraBio内部拥有动物、植物、微生物研究领域的相关专家,可以从“实验-分析-生物学意义挖掘”进行一条龙的一对一服务。

7.精确性高:精确到单核苷酸水平,可区分高度同源的RNA 分子,鉴定剪切变异体和RNA多态性。

实验流程


circRNA-Seq环状RNA测序


3.数据分析(有参考基因表达分析)

1.测序基本结果分析

包括序列信息读取,测序数据质量好坏分析,序列的长度信息。

2.基因组短序列比对

测序序列定位到参考基因组(Reference Genome)上,基于最大似然法分析(Most Likelihood)或者贝叶斯(Bayesian)概率分析,得到序列最有可能定位到基因组上的位置,并将无法比对上的序列进行切分后,分别比对到基因组上,得到跨越内含子的(Junction-Reads)。

3.转录组测序质量评估

包括测序饱和度分析,序列比对质量分析,染色体分布情况,基因组位置覆盖情况等数据分析信息。

4.可变剪接分析

基于测序序列和参考基因组的比对信息中的Junction Reads,我们可以按照ASD(艾佳生物最新研发的算法发表于NAR)算法计算得到不同样本的可变剪接的差异以及发生的位点,并且验证率能够在70%以上。

5.基因表达分析

基于测序序列和参考基因组(Reference Genome)比对的信息,可以得到每一个基因覆盖的Reads的个数,并且准确地计算得到每一个基因的表达值,即RPKM。不仅如此,艾佳还通过Upper Quartile算法计算得到UQRPKM,对于基因表达进行更进一步地矫正。

6.Aura  lncRNA预测

基于测序序列的比对情况,艾佳生物不仅可以计算表达值,还可以通过重建转录本的方式获得新的未知的基因的序列,以及表达情况。并通过艾佳的数据分析系统对于新转录本的编码能力进行评估,鉴定得到新lncRNA及其表达情况。

7.差异筛选

基于基因的Reads覆盖情况以及基因表达值,艾佳帮助研究计算出最为准确的差异基因变化情况。同时,艾佳还能定制化得根据研究者的实际样本情况,变换并优化不同参数以及不同的差异筛选算法,如EB-Seq,DE-Seq,EdgeR,CuffDiff,能够得到最为准确的差异筛选结果。

8.趋势分析(Series Cluster)

基于数学模糊聚类,艾佳生物为研究者提供趋势分析。

9.功能分析(Gene Ontology)

基于基因的注释情况,艾佳生物整合了AmiGO,NCBI,Swissprot/Uniprot等不同的数据库的注释信息,基于Fisher精确检验得到,差异基因在功能中的富集情况,让研究者将数据分析结果和研究的研究方向结合起来。

10.信号通路分析(Pathway)

基于基因的注释情况,艾佳生物整合了KEGG,Biocarta等不同的数据库的注释信息,基于Fisher精确检验得到,差异基因在功能中的富集情况,让研究者将数据分析结果和研究的研究方向结合起来。

11.GO-Tree分析(GO-Tree)

基于功能分析的结果以及艾佳生物数据库的GO的相关性,艾佳生物为研究者构建了GO-Tree,功能从属关系网络,为研究者从宏观和微观上对于差异所属功能进行了总结,帮助研究把测序数据,研究方向和某一个功能簇的基因结合起来。

12.信号通路相关性网络(Path-Act-Network)

基于信号通路分析额结果以及艾佳数据中的信号通路的相关性,艾佳为研究者构建了Path-Act-Network,帮助研究者从宏观上梳理信号通路之间的上下游关系,寻找和研究方向相关的核心通路。

13.Gene-Act-Network

基于艾佳数据库中的基因与基因之间的相互作用关系,艾佳为研究者构建基因间相互作用关系网络(Gene-Act-Network),明确核心基因和枢纽基因,并将不同信号通路中的基因用实际数据库记载的关系链接起来,帮助研究者总结基因间的相互调控关系,筛选核心基因。

circRNA-Seq环状RNA测序

14.Co-Exp-Network

KEGG数据库仅只是针对数据库记载的基因间的相互作用关系进行分析,而很多时候我们需要对于未知的基因关系进行了解。同样地,基因间相互作用关系网络并不能计算出整个差异基因中,对于实验影响最大的最大的基因。因此基于基因的实测表达值,艾佳生物帮研究者构建共表达网络,协助研究者找到和最多的基因存在相关性的基因,即核心基因。同时基于具有共表达能力的基因具有类似功能,艾佳帮助研究者研究未知基因的功能,使得对于未知基因,新基因等的研究成为可能。


4.样品要求

RNA样品总量: ≥5μg

RNA样品浓度: ≥50ng/μL

RNA样品: RIN>7.0

 


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